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阿米巴经营模式最被人熟知的便是哲学与独立核算。每个阿米巴组织通过制订计划与独立核算，实现持续的发展。它的根本目的就在于让人人成为经营者，每个人发挥出个人价值，促使企业整体利益增长。
然而，阿米巴组织划分并非随心所欲，将几个人框选成为一个巴，那样只会造成人才浪费与资源浪费。阿米巴组织的形成必须将职能、职责与流程进行清晰的划分！通常来说，科学的阿米巴组织划分需要遵守五大原则：
（1）对企业战略起到助力作用
实际上，大多数企业导入阿米巴的意义便是助力企业实现利润增长与稳定健康发展，因此阿米巴组织的划分必须要能够帮助企业实现发展战略。
（2）最大限度地划小经营单位
稻盛和夫在讲解阿米巴经营模式时，曾提到单位时间附加价值这一概念，他强调最大限度地划小经营单位，衡量出每个人每小时的收”，努力追求“销售额最大化、成本费用最小化”。但这并不是说没有一个划小的“度”，而是要在划小的底线实现销售额最大。
（3）每个巴都能独立核算
阿米巴组织的目的在于实现全员核算，每个人有明确的收入，同时又能算出成本。通过使每个阿米巴成员随时掌握经营数据，将自己的利益与企业利润挂钩，实现企业发展。可见，划分的组织如不能实现独立核算，那么便是无意义的划分。
（4）组织划分后能够实现自主经营
划分后的组织要有完成工作目标的相应权限，但并非所有的决策都要让一线自主决定，而是指决策体系要到达基层，让一线参与到经营中来，提升企业对市场环境和客户需求的反应速度。
（5）充分考虑到各阿米巴组织的责任、权利和利益
在阿米巴组织划分过程中，要充分考虑到各阿米巴组织的责任、权利和利益，要能够清晰界定权利和义务、合理分配收益。只有这样，才能确保阿米巴经营模式在企业中顺畅运行。